搞定了维奥，小智继续往等离子驱逐舰的深处探索，
反正看这所等离子驱逐舰很不爽，遇到因为没有通行证而无法通行通道和房间，通通一律炸开。
或者有时遇到几个等离子队队员，小智便如同饿虎扑食一般将他们撂倒。
很快，小智再次炸开一扇门，映入小智眼帘的竟然是一个实验室，而且还有好几个身着白色研究服的研究人员们在这里进行研究。
对于小智的闯入，他们竟然完全不惊讶，见状的小智顿感不妙，急忙拿出精灵球收回了喷火龙。
但是没来得及顾上的皮卡丘却被从暗处射出的一道蓝色射线命中后背，双眼顿时变得通红，怒视着小智。
“阿克罗玛，你难道就只会躲起来暗箭伤人吗？”小智高声质问道。
阿克罗玛这才从暗处走了出来，手握着一把控制枪，得意洋洋地开口道，
“哈哈哈，欢迎来到我的实验室，小智检察官，
我受到魁奇思的委托在这里进行研究，我的愿望是能够完全发挥出宝可梦的能力，
为了达到这个目的，我可以不择手段。”
“哼，现在就高兴恐怕还太早了吧，半场开香槟可是不好的习惯哦，皮卡丘，上吧，干掉他们。”
“小智检察官，你怎么说起梦话来了，我制造出来的可是连传说中的宝可梦莱希拉姆都能控制的装置，区区一只皮卡丘，又能做出什么样的抵抗呢。”
“哦，是吗？不要小看我们之间的羁绊啊。”
只见皮卡丘完全不听阿克罗玛的话，一步步接近阿克罗玛。
“啊，怎么可能！他为什么还能够自由行动！”阿克罗玛大惊失色道。
“阿克罗玛博士，这到底是怎么一回事，赶快提高输出功率，彻底控制那只皮卡丘。”一个助手急忙开口道。
阿克罗玛急忙再开一枪，一道蓝色射线再次命中皮卡丘。
“上吧，皮卡丘，使出十万伏特。”
“皮卡～丘！”
皮卡丘轻而易举便挣脱了控制，带着满腔的怒意，十万伏特倾泻而出，阿克罗玛下意识地抬起双手捂住脸，却仍然被电流所产生的冲击力所击飞出去，他手上的那柄控制枪也被击毁。
阿克罗玛艰难地支撑着站起身，满眼的不可置信，喃喃道，
“不，不可能的，应该已经完美控制了才对，这，这是怎么回事，真，真不敢相信，为什么，为什么，不可能的，竟然超越了我的理论，我怎么可能会承认这种……”
“投降吧，阿克罗玛。”小智再次开口道。
“既然操控没有用，那我只好亲自打败你了，
像你这样的训练家，通过心与心之间的交流，也能让宝可梦发挥出强大的力量，
而像等离子队那样，强硬地使用残酷的手段，虽然也可以引出宝可梦的潜能，
但是，这样的结果，可能会导致世界的毁灭，
先不说这个了，我和合众地区各地的宝可梦训练家们进行对战，
为了就是确认他们有没有将宝可梦的潜能激发出来的资质，
从这个意义上来说，你非常非常优秀，
好了，告诉我你的答案吧，是否如我所期待的那样。”
说完，阿克罗玛先后派出了三合一磁怪，自爆磁怪，齿轮怪，大宇怪，金属怪。
小智也不再客气，现在已经不再害怕自己的宝可梦会被阿克罗玛给控制了，
喷火龙与皮卡丘联手出击，两个老搭档非常轻松就放倒了这五只宝可梦。
谁让阿克罗玛平日里天天搞科研呢，没有训练，那他手上的宝可梦的战斗力肯定不强的啊。
战败后，阿克罗玛盯着实验台屏幕上显示出来的数值，再次不可置信地开口道，
“怎么会，你的皮卡丘的力量比先前被我操控的时候还要……更加的强大，
好强，你真是个强大的训练家啊，那么我问你，你认为宝可梦和训练家之间通过互相理解，可以更上一层楼吗？”
“当然。”
“原来如此，你的回答，正是我所追寻的理想，
的确，你正是怀着这样的信念，和宝可梦并肩作战，发挥出了巨大的力量，重复一遍，
为了让宝可梦更强，我不惜任何手段，
如果只通过人和宝可梦的交流无法达到那个高度的话，
我就只能依靠残忍的科学研究来发挥出它们真正的实力了，
但是你让我看到了另一种可能性，无论是你胜还是等离子队胜，对我来说都可以算得上是决定人类和宝可梦的关系该以何种方式存在的战斗，
那么，结果是怎么样的呢，让我见识一下吧，祝你好运。”
说完，阿克罗玛深深呼出一口气，闭上双眼，将双手握拳合拢，伸到小智面前。
小智笑了笑，拿出手铐把阿克罗玛拷上。
联盟的人员们也冲了进来，将同为主犯之一的阿克罗玛和维奥，
还有这群助纣为虐的科研人员与等离子驱逐舰里面一路上被小智打倒的等离子队队员们全部押送离开。
阿克罗玛被押上警车前说的最后一句话是，
“没想到我的宝可梦控制机竟然失败了，诶，对了，下次我来开发可以跟宝可梦们对话的机器好了。”
事情到了这个地步，小智目前的任务还剩下一个，逮捕魁奇思。
从阿克罗玛的口中问到了魁奇思的房间位置，小智便带着皮卡丘一个人直奔那个房间而去，依旧毫不客气，直接炸开房间门。
小智冲进去的时候，魁奇思正背着一只手，另一只手拄着他那印有等离子队标记的权杖，背对着小智，看着墙上的合众地区地图，似乎早有预料地开口道，
“真是一群没用的小卒，竟然让敌人这么容易就闯了进来，
还有阿克罗玛！那家伙作为科学家实在是太单纯了，这样也算得上是等离子队的首席科学家吗，
我们征服合众地区的崇高使命，居然还比不上他个人的好奇心，
好了，小智检察官，你是幸运的，因为你是唯一一个能听到我魁奇思这场演讲的人，