自王府风波过后，惠芝郡主虽然与王爷的关系稍有缓和，但心中的隔阂仍未完全消除。而此时，神医侠女和她的徒弟们也面临着新的挑战。
在京城的远郊，突然爆发了一场奇怪的疫病。患病之人先是高烧不退，接着身上便会出现大片黑斑，不出几日便会丧命。疫病传播迅速，很快便有许多百姓染病，一时间人心惶惶。
神医侠女得知此事后，决定带着娇兰和惠芝郡主一同前往疫区，救治病患。师傅深知此次疫病凶险，但为了百姓的安危，还是支持她们的决定。
师徒几人抵达疫区后，立刻投入到紧张的救治工作中。惠芝郡主凭借着自己对医术的热爱和天赋，仔细地为病患诊断病情。娇兰则负责维护秩序，保护师傅和惠芝郡主的安全。
然而，疫病的源头却一直未能找到，救治的效果也并不理想。看着病患们痛苦的神情，神医侠女心急如焚。
“师傅，这样下去不是办法，我们必须尽快找到疫病的根源，才能彻底控制疫情。”惠芝郡主忧心忡忡地说道。
神医侠女点头表示同意：“郡主说得对，可是这疫病的源头究竟在何处，我们还毫无头绪。”
就在这时，娇兰带来了一个重要的线索。原来，她在调查中发现，疫病最初是在一家废弃的矿山附近爆发的。据说，那家矿山曾经发生过一起离奇的事故，之后便被废弃了。
师徒几人决定前往矿山一探究竟。矿山中弥漫着一股刺鼻的气味，四周阴暗潮湿。她们小心翼翼地前行，突然，一群黑衣人冲了出来，向她们发起攻击。
娇兰立刻抽出佩剑，与黑衣人展开搏斗。神医侠女和惠芝郡主则在一旁寻找掩护。在娇兰的奋勇抵抗下，黑衣人渐渐落于下风，最终纷纷逃离。
“这些黑衣人究竟是什么人？为什么会出现在这里？”惠芝郡主疑惑地问道。
神医侠女思索片刻，说道：“看来这矿山中一定隐藏着什么秘密，这些黑衣人是不想让我们发现。”
继续深入矿山，她们发现了一个隐藏的洞穴。洞穴中摆放着一些奇怪的仪器和实验品，墙壁上还刻着一些神秘的符号。
“师傅，这些东西看起来像是在进行某种邪恶的实验。”惠芝郡主说道。
神医侠女仔细观察着周围的一切，突然恍然大悟：“我明白了，这疫病是有人故意制造出来的，他们在这里进行着用疫病控制百姓的阴谋。”
得知真相后，师徒几人决定将证据带回京城，揭露这场阴谋。然而，她们的行动却被幕后黑手察觉。在归途中，她们遭遇了多次暗杀和伏击。
但师徒齐心，其利断金。娇兰凭借着高超的武艺一次次击退敌人，神医侠女和惠芝郡主也运用自己的智慧巧妙地躲避危险。
终于，她们平安回到京城。将证据呈交给朝廷后，朝廷立刻展开调查，揪出了幕后黑手。原来是一位心怀不轨的官员，企图利用疫病制造混乱，趁机夺权。
在神医侠女师徒几人的努力下，疫病得到了控制，百姓们重新过上了平静的生活。惠芝郡主也因为在此次事件中的出色表现，得到了王爷的认可和赞扬，父女之间的关系得到了进一步的改善。
经此一事，师徒几人的感情更加深厚，她们的医术和侠义之名也传遍了整个京城，成为了百姓们心目中的英雄。