尽管危机暂时解除，但艾利克斯心中总有隐隐的不安。一天夜里，他独自来到存放神秘晶体的密室。正当他仔细端详晶体时，晶体突然发出微弱光芒并且产生一股吸力。艾利克斯来不及挣脱，就被吸入其中。
艾利克斯眼前一花，发现自己置身于一片奇异的空间，这里充满了各种颜色交织的光线和漂浮的岛屿。远处，他看见一个若隐若现的身影。走近一看，竟是一个古老种族的幸存者。这个种族知晓神秘晶体的真正秘密。
原来，晶体蕴含着宇宙诞生之初的力量，如果使用不当将会引发不可挽回的灾难。而且还有其他隐藏的神秘晶体散落在宇宙各处。
艾利克斯带着这个消息从晶体内脱离。他深知必须要找到其他晶体并保护起来。于是，他告别联盟，踏上新的征程。他知道未来充满艰险，但为了整个宇宙的安危，他义不容辞。
艾利克斯驾驶着飞船在茫茫宇宙中穿梭。根据古老种族幸存者给他的线索提示，他朝着一颗遥远而荒芜的星球飞去。这颗星球表面布满了坑洼和诡异的紫色烟雾。
刚一降落，艾利克斯就感受到一股强大的能量波动。他小心翼翼地向着波动源头前进，途中遭遇了许多机械生物的攻击。这些机械生物像是被某种未知力量控制着，疯狂地向他扑来。艾利克斯凭借着高超的战斗技巧，一路冲破阻碍。
终于，他找到了散发能量波动的地方——一个巨大的地下洞穴。在洞穴深处，艾利克斯看到了一块散发幽光的神秘晶体。就在他准备收取晶体的时候，背后传来一阵低沉的笑声。他转身一看，只见一个全身笼罩在黑袍中的人缓缓走出。“你以为你能轻易拿走它吗？这可是我先发现的宝藏。”黑袍人阴森地说道。艾利克斯握紧武器，严阵以待，一场争夺晶体的战斗即将爆发。
艾利克斯冷静地回应道：“这晶体关乎宇宙安危，绝不能落入你手。”黑袍人冷哼一声，“宇宙安危与我何干，只要得到这些晶体，就能掌控无尽的力量。”说着便发动攻击，一道黑色的能量波朝艾利克斯射来。艾利克斯侧身躲开，迅速反击，激光剑直刺黑袍人的面门。黑袍人身形一闪，消失在原地，下一秒出现在艾利克斯身后，双掌拍出一股强大气流。艾利克斯被震得向前踉跄几步。
此时洞穴开始摇晃，似乎战斗触发了某些机关。艾利克斯瞅准机会冲向晶体，黑袍人大怒，双手凝聚出巨大的黑暗球砸向艾利克斯。艾利克斯却突然将武器插入地面，借助反弹之力高高跃起抓住了晶体。黑袍人见状冲过来抢夺，艾利克斯将晶体放入特殊容器后全力抵抗。最终利用洞穴崩塌的石块击中黑袍人，趁其不备逃离洞穴，驾驶飞船离开这危险之地，继续寻找其他神秘晶体之旅。