在宇宙诞生之初的混沌边缘，有个神秘的灵启之境，这里脱离了常规时空，由原初灵能和秩序紊流交融而成。原初灵能是宇宙诞生时最本源的力量，有着创造和变革的可能，时而凝结成晶体，时而化为迷雾；秩序紊流维持着灵启之境的规则，一旦混乱，整个灵启之境也会陷入无序。这里的时间是“螺旋回溯”的，重大事件会让时间线局部回溯；空间呈现“层叠镜像”，一个空间点对应无数镜像空间，容易迷失其中。灵启之境被“灵启护罩”隔绝，秘密和危机一直不为人知。
一支探索宇宙起源的科研舰队最先发现异常。舰队装备了能捕捉细微灵能波动的“灵能溯源探测器”，靠近灵启之境时，探测器报警，显示灵启护罩剧烈震颤，释放出“灵启脉冲”。这脉冲带着古老灵能信息，所到之处灵能场扭曲紊乱。随着脉冲扩散，宇宙各地出现连锁反应，一些星球上的灵能生物进入深度冥想，星际灵能传输网络堵塞，依赖灵能的科技设施瘫痪。
蓝星宇宙灵能研究中心收到信号，判断这是关乎宇宙灵能根基的重大危机。经验丰富、对灵能理解深刻且洞察力敏锐的九儿和青年，被委以调查重任。青年看着监测屏幕上跳跃的数据，又兴奋又紧张：“妈妈，这次灵启之境的异动说不定能揭开宇宙诞生的秘密，是难得的机会，也是挑战。”九儿表情凝重，点头说：“这股力量影响太大，宇宙灵能稳定受威胁，我们一定要全力以赴。”
在蓝星科研团队帮助下，九儿和青年驾驶“灵耀启源号”前往灵启之境。飞船配备“灵能共振引擎”和超维导航系统，前者能根据灵能和紊流特性调整飞船，与灵启之境和谐共生，抵御干扰；后者能在复杂环境中精准定位、安全航行。靠近灵启之境时，空间被无形灵能力量扭曲，光线变形，仪器报警，青年操控飞船，用“灵能频谱解析仪”监测脉冲。
历经艰难，他们进入灵启之境核心，看到一个散发柔和光芒的巨大灵晶悬浮在灵能光芒中央。灵晶表面符文流动变幻，周围灵能光环旋转交织，散发强大混乱的波动。灵晶发出精神波动：“我承载宇宙初始灵能密码和秩序蓝图，现在被混沌深渊的混沌侵蚀者盯上，他们想打破平衡，带来黑暗混乱。”九儿镇定回应：“我们是来阻止他们，守护宇宙和平的，请问怎么帮忙？”
灵晶表示要集齐星辰灵辉圣杖、命运灵纹残页和灵能均衡宝石。星辰灵辉圣杖能净化原初灵能、唤醒守护意志；命运灵纹残页能帮他们在混乱命运灵能轨迹中找到关键节点；灵能均衡宝石掌控灵能平衡法则，是恢复秩序的关键。
九儿和青年马上出发寻找圣物。星辰灵辉圣杖在“星耀灵域”，这里汇聚星辰灵能。他们进入后被灵辉之力笼罩，一番寻找后在星辰碎片祭坛找到，用灵能共振装置解除护盾拿到。
命运灵纹残页在“命运灵渊迷宫”，这里命运灵能丝线交织，时空与命运轨迹纠缠，到处是能吞噬一切的命运灵能漩涡。九儿和青年多次遇险，像被卷入漩涡、陷入灵能停滞，但最终在最深处找到残页。
灵能均衡宝石在“灵能失衡炼狱”，这里灵能失衡，正逆向灵能冲突引发风暴。他们和灵能守护者沟通后，用灵能调和装置调整能量，恢复灵能平衡，拿到宝石。
带着三件圣物回到灵晶前，灵晶吸收圣物后力量觉醒，灵能光环稳定，符文图案清晰。灵晶说：“谢谢你们，一起对抗邪恶。”
混沌侵蚀者察觉灵晶觉醒，派出混沌暗影生物抢夺。这些生物模样恐怖，有的像能吞噬一切的黑色灵能漩涡，有的像污染灵能、破坏秩序的混沌暗影火焰。
九儿和青年与灵晶配合战斗。青年操控飞船用灵能脉冲炮攻击，九儿手持星辰灵辉圣杖释放净化之光，灵晶提供灵能护盾并发射冲击波。
战斗中，青年发现混沌暗影领主，它指挥其他生物攻击。青年驾驶飞船冲向它，发射灵能导弹，被混沌屏障挡住。九儿借助灵晶力量，用圣杖发出净化光柱击中领主，打破它的屏障。青年抓住机会，集中飞船能量发射光束，贯穿领主核心，将其消灭。
没了领主指挥，其他混沌暗影生物大乱，九儿和青年乘胜追击，击退它们。
他们成功守护灵晶，灵晶称赞：“你们拯救了宇宙灵能秩序，荣耀属于你们。宇宙奥秘无穷，希望你们继续守护。”
完成任务后，九儿和青年回到蓝星，成了众人敬仰的英雄。但他们清楚，宇宙还有很多奥秘等他们探索，未来冒险之路还很长。