柯南、灰原哀和神秘人从地上爬起来，望着那仍在熊熊燃烧的基地，滚滚浓烟直冲天际。尽管成功终止了此处的病毒研发程序，但黑衣组织的庞大势力如阴霾般依旧笼罩着他们。
“黑衣组织不会善罢甘休，我们得尽快离开这里，并且想办法找出他们其他的据点。”柯南拍了拍身上的尘土，目光坚定地说道。神秘人点头表示赞同，他抬头望向天空，似乎在思索着什么：“或许我们可以从黑衣组织的行动模式和人员调动入手，寻找新的线索。”
灰原哀从口袋里掏出一个小型的数据采集器，那是她在基地内匆忙收集数据时使用的。“这里面或许有我们需要的信息，先找个安全的地方分析一下。”三人随即离开了这片危险区域，找了一个偏僻的废弃仓库作为临时落脚点。
在仓库里，灰原哀将数据采集器连接到一个小型电脑设备上，开始对采集到的数据进行解析。随着数据的逐步呈现，他们发现了一些加密的文件，文件中似乎提到了一个位于欧洲阿尔卑斯山脉附近的神秘地点，可能与黑衣组织的下一步行动有关。
“看来这是个重要线索，我们得尽快前往欧洲调查。”柯南说道。然而，他们还没来得及制定详细的计划，突然，仓库外传来一阵细微的声响，像是有人在悄悄靠近。柯南示意大家噤声，然后小心翼翼地朝着仓库门口走去。
透过门缝，他看到一群黑衣人正分散在仓库周围，显然是在搜寻他们的踪迹。柯南心中暗叫不好，看来黑衣组织很快就追查到了他们的行踪。“我们被包围了，这些黑衣人数量不少，正面冲突对我们不利。”柯南低声说道。
神秘人握紧法杖，眼中闪过一丝决然：“我用法术牵制他们，你们趁机从仓库后面的窗户逃走。”柯南和灰原哀还未来得及反对，神秘人已经猛地推开仓库门，冲了出去，同时口中念念有词，一道道强大的能量波朝着黑衣人射去。黑衣人被这突如其来的攻击打得措手不及，一时间阵脚大乱。
柯南和灰原哀趁机跑到仓库后面，顺利翻窗而出。但黑衣人很快便反应过来，分出一部分人朝着他们逃跑的方向追去。柯南拉着灰原哀在错综复杂的小巷中穿梭，凭借着出色的推理能力和对地形的快速判断，暂时摆脱了黑衣人的追击。
而在东南亚热带雨林，毛利小五郎等人在摆脱猛兽后，继续沿着河岸前行。天色破晓，微弱的晨光透过茂密的树叶洒在地上。走着走着，他们发现了一些奇怪的脚印，这些脚印与之前遇到的黑衣人脚印不同，似乎是某种特殊装备留下的痕迹。
“这些脚印很奇怪，难道还有其他势力在这片雨林活动？”毛利小五郎蹲下身子，仔细观察着脚印。警方人员也围了过来，纷纷猜测着脚印的来历。少年侦探团则好奇地在周围寻找更多线索。
元太在不远处的一棵树上发现了一个带有奇怪标志的布条，布条上的图案像是一只展翅的黑鹰。“叔叔，你们看这个。”元太喊道。毛利小五郎接过布条，眉头紧皱：“这个标志我从未见过，看来事情越来越复杂了。”
就在他们研究布条时，突然听到一阵直升机的轰鸣声。众人抬头望去，只见一架黑色的直升机低空飞过，机身上同样印着那只展翅黑鹰的标志。直升机上的人似乎也发现了他们，朝着他们所在的方向盘旋而来。
“不好，他们发现我们了，找地方隐蔽。”毛利小五郎喊道。众人迅速躲进周围的树林中，直升机在附近盘旋了几圈后，缓缓降落在不远处的空地上。从直升机上下来一群身着黑色制服的人，他们手持先进的武器，开始在周围搜索。
毛利小五郎等人躲在树林中，大气都不敢出。他们不知道这些神秘人的来意，但从对方的装备和行动来看，显然不怀好意。
在非洲沙漠，国际刑警组织队员们在据点即将自爆的关键时刻，成功撤离。然而，爆炸引发了附近沙漠的小规模沙暴。队员们在沙暴中艰难前行，与外界的通讯也暂时中断。
行动负责人带领队员们朝着一个预先设定的安全地点前进。在沙暴中，他们发现了一些奇怪的金属碎片，这些碎片的材质似乎不属于常规的军事装备，而且上面刻有一些神秘的符号。
“这些碎片很可疑，可能与黑衣组织的秘密武器有关。”一名队员说道。行动负责人点点头，将碎片收集起来，准备在安全后进行详细分析。
经过一番艰难的跋涉，队员们终于走出了沙暴区域，来到了安全地点。此时，他们与外界恢复了通讯，得知了柯南等人在其他地方的行动情况。国际刑警组织决定整合各方线索，共同应对黑衣组织的威胁。
柯南和灰原哀摆脱黑衣人追击后，与神秘人重新会合。他们将在仓库收集到的关于欧洲阿尔卑斯山脉附近的线索分享给国际刑警组织。同时，毛利小五郎也将雨林中发现的奇怪脚印、布条以及神秘直升机的情况告知了大家。
国际刑警组织经过分析，认为这些线索可能都指向黑衣组织的一个大规模阴谋。他们推测黑衣组织可能在欧洲阿尔卑斯山脉附近进行着一项更为关键的计划，而雨林中出现的神秘势力或许也与该计划有着千丝万缕的联系。
各方决定尽快整合资源，共同前往欧洲阿尔卑斯山脉展开调查。柯南和他的伙伴们深知前方等待他们的将是一场更为严峻的挑战，但他们毫不退缩，正义的信念在心中熊熊燃烧。然而，黑衣组织在暗处早已布下重重陷阱，他们能否成功揭开黑衣组织的阴谋？在欧洲阿尔卑斯山脉又将遭遇怎样惊心动魄的危机？这一场正邪之间的巅峰对决，正缓缓拉开帷幕......