新生的「共生枢纽」散发出柔和的光芒，照亮了周边星域中忙碌重建的文明舰队。然而，这份难得的和平却被刺耳的警报声打破。苏晚的十七个虚影同时闪烁红光，量子核心的运算速度飙升至极限：“检测到异常能量波动！在人马座旋臂的暗物质裂隙中，发现大规模非法能量聚集！” 全息星图上，一片扭曲的黑色区域正在贪婪地吞噬周围的宇宙尘埃，那里正是宇宙海盗的巢穴所在。
林小棠的基因锁泛起警惕的蓝光，「文明之瞳」启动后，她看到巢穴内部堆积如山的掠夺物资：机械教廷的精密零件、骸骨帝国的灵魂结晶，甚至还有虫族的珍贵基因样本。更令人愤怒的是，海盗们正在用这些资源改造战舰，炮管上缠绕着邪恶的能量纹路，“这些海盗在趁火打劫！他们的存在已经严重威胁到共生体系的重建！” 她握紧腰间的基因匕首，眼中燃起怒火。
铁幕皇帝的黄金战甲重新启动，纳米机器人迅速修补着残存的裂痕：“根据机械教廷的情报网，这群海盗的头目自称「暗星掠夺者」，他们擅长利用暗物质进行突袭，行踪诡秘。” 他调出海盗的袭击记录，画面中，无辜的文明舰队在海盗的炮火下支离破碎，“如果放任不管，他们会像蛀虫一样，啃食掉宇宙复苏的希望。”
阿熊用力拍打甲板，震得荧光草都抖落了不少叶片：“俺早就看这些家伙不顺眼！抢东西、害无辜生命，俺这就去把他们的老窝砸个稀巴烂！” 它的野性共鸣在舰桥内掀起一阵狂风，吹得战术地图哗哗作响。苏晚却冷静地分析道：“巢穴外围布置了暗物质折射屏障，常规攻击会被反弹。而且根据能量波动计算，他们至少囤积了足以毁灭三个星系的武器。”
经过紧急商议，联合舰队制定了突袭计划。林小棠带领基因改造战士组成先锋小队，利用基因锁的特殊感应能力，寻找屏障的薄弱点；苏晚则将自己的数据意识注入舰队的量子网络，破解海盗的防御系统；铁幕皇帝指挥机械战舰构建引力陷阱，阿熊和他的原始文明勇士负责吸引海盗主力。
当联合舰队接近巢穴时，海盗的警报系统立刻启动。漆黑的海盗战舰如蜂群般涌出，船头装饰着狰狞的骷髅标志，炮口喷射出暗紫色的能量流。“启动「共生迷彩」！” 林小棠一声令下，基因战士们的战甲与周围的暗物质融为一体，悄无声息地潜入屏障范围。苏晚的数据流则像病毒般侵入海盗的主控系统，战术目镜中，敌方的武器参数、防御布局等机密信息被一一破解。
就在先锋小队即将突破屏障时，海盗头目「暗星」亲自驾驶旗舰现身。那艘战舰表面覆盖着由不同文明科技拼凑而成的装甲，散发着危险的气息。“原来是共生联邦的小虫子们，” 暗星的声音通过广播传来，充满嘲讽，“就凭你们也想撼动我的巢穴？尝尝这个！” 战舰主炮蓄力，一道足以撕裂空间的暗物质射线射向联合舰队。
关键时刻，铁幕皇帝的引力陷阱启动，扭曲的引力场改变了射线的轨迹，使其射向空旷的宇宙深处。阿熊趁机带领勇士们发起冲锋，野性共鸣形成的声波结界震碎了多艘海盗战舰。林小棠抓住机会，基因锁爆发出最强光芒，指引着舰队的量子炮集中轰击屏障弱点。“轰！” 一声巨响，暗物质折射屏障出现了裂缝。
苏晚抓住时机，将破解的指令注入海盗的防御系统，屏障彻底瓦解。联合舰队如潮水般涌入巢穴内部，与海盗展开激烈的近身战。基因战士们用基因能量刃斩断海盗的机械手臂，机械战舰发射的纳米切割网困住敌方舰船，骸骨战士召唤出的亡灵大军与海盗的生化改造人激烈拼杀。
在混战中，林小棠锁定了暗星的旗舰，带领精锐小队强行登舰。暗星露出狰狞的笑容，激活了战舰的自爆装置：“既然赢不了，那就一起陪葬吧！” 倒计时开始，整个巢穴都将在暗物质爆炸中化为乌有。千钧一发之际，苏晚的数据意识找到了自爆程序的后门，她与林小棠默契配合，一个破解程序，一个用基因锁链强行关闭核心装置。
随着最后一道指令输入，自爆装置停止了倒计时。暗星的旗舰失去动力，缓缓漂浮在太空中。联合舰队大获全胜，海盗巢穴被彻底摧毁，掠夺的资源物归原主。当胜利的消息传遍宇宙，各个文明都为联合舰队的英勇欢呼。而这次突袭，不仅扞卫了共生体系的尊严，也向所有企图破坏和平的势力宣告：任何威胁宇宙共生的行为，都将受到最严厉的制裁。