11号带领孩子们在岛上生活，为升级防御系统，决定去捕捉深海变异电鳗。电鳗体内的生物电囊是重要材料，可保障防护网用电。孩子们提前准备好特制鱼叉、绝缘防护服、电磁屏障等装备。狩猎时，电鳗发起攻击，释放十万伏特电流，孩子们在11号指挥下默契配合，用绝缘渔网捕获电鳗，还学习了如何提取生物电囊。这次狩猎不仅获得了资源，也让孩子们在实战中成长，更懂得团队协作的重要性。
清晨，岛上基因花园的晶状植物突然出现基因污染，叶片渗出黑色黏液，而这种变异特征和普罗维登斯实验室的废弃样本高度吻合。与此同时，了望塔发现东南海域有不明热源，疑似潜水艇，天空还出现普罗维登斯的无人机，它们喷洒绿色雾气，催生带刺藤蔓。孩子们立即启动防御，11号指挥大家反击，阿雅用声波枪击落无人机，11号发现无人机是戴安娜克隆体升级版。战斗结束后，11号判断敌人已发现岛屿，召集孩子们准备应对更大规模的袭击，决定利用岛上资源制作基因陷阱等加强防御。
黎明前，凯伦发现东南海域的热源分裂成七个，判断是普罗维登斯的潜水艇编队，且敌人来得比预计更快。阿雅分析无人机芯片，发现敌人掌握了防护电网频率规律，和泰隆提出用变异章鱼墨汁与导电纤维制作干扰涂层。莉娅带来混入神经毒素样本的基因花种子，可快速生长攻击敌人。敌人用潜艇凿击岩壁，放出机械蜘蛛破坏电网，47号指挥孩子们作战，马克斯用声波炮攻击潜艇，莉娅触发基因陷阱，阿雅掩护她。战斗中，出现戴安娜克隆体量产士兵，他们的战斗方式和11号相似。孩子们防线收缩时，干扰涂层发挥作用，暂时击退机械蜘蛛，但敌人又派出携带麻醉枪的滑翔翼克隆士兵，目标是正在调配毒素的莉娅，马克斯等人全力保护。最终敌人暂时撤退，岛屿受损严重，11号意识到敌人在测试防御，让孩子们准备打造更强武器。
普罗维登斯的无人机再次来袭，还携带基因抑制剂，妄图破坏岛上基因植物。11号指挥孩子们启动电磁干扰器和加固基因防护墙。莉娅带领大家播种改良后的藤蔓种子，这些藤蔓能分泌树脂抵御敌人。战斗中，马克斯的声波炮对改造后的无人机效果减弱，11号发现指挥机，跃上后发现驾驶员是编号Ad - 11 - A3的克隆体。此时，普罗维登斯的潜水艇部队出现，47号决定启用终极防御计划——利用沉船中古代基因库与岛上植物结合制造基因风暴，尽管这可能改变岛屿生态，但为了守护家园，孩子们还是选择冒险尝试，紧张的准备工作随即展开。
海平线出现印有IcA标志的侦察船，11号警惕起来，因为他曾与IcA有联系。阿雅检测发现船上人员基因波动异常，马克斯担心是陷阱。11号带阿雅和凯伦前去查看，船上的IcA特别顾问威廉·格雷称追踪基因污染信号而来，还表示掌握普罗维登斯情报，且孩子们的基因与IcA调查的计划有关。莉娅突然通过特殊能力预见危险画面，称威廉在说谎，IcA和普罗维登斯是一伙的，这让原本就紧张的气氛瞬间剑拔弩张，双方随时可能爆发冲突。