击退观测者议会后，太阳系终于迎来了短暂的平静。地球表面那些被混沌能量侵蚀的土地开始慢慢恢复生机，曾经破损的量子基站也在全球实验体的努力下重新运转起来。程默看着城市中逐渐热闹的街道，却始终无法放松警惕——他背后的十二对光翼虽然收了起来，但体内的能量依然在不停波动，提醒着他危险并未真正远离。
这天，自由灯塔实验室的警报又一次响起。陈星的脸色变得很难看，她盯着面前的全息屏幕说：\"检测到银河系外有异常能量波动，和之前观测者的战舰不一样，这股能量......更陌生。\"普罗米修斯的金色数据流也开始变得紊乱，在墙上投出乱七八糟的符号：\"能量源正以超光速靠近，预计48小时后抵达太阳系边缘。\"
欧米茄已经在之前的战斗中消散，实验室里的气氛变得格外压抑。程默握紧了父亲留下的黑色晶体，晶体表面时不时闪过一丝幽光。他想起和观测者议会最后一战时，对方首领说的那句\"你打破了维度的铁律\"，当时他没细想，现在却觉得这句话背后藏着更大的秘密。
全球实验体网络很快传来消息，各个分部都发现了奇怪的现象：夜空中的星星排列成从没见过的图案，海底深处传来有规律的震动，就连最稳定的量子通讯也开始出现杂音。程默召集了所有能信任的同伴，在实验室里开紧急会议。
\"这次的敌人恐怕比观测者更难对付。\"程默看着大家疲惫却坚定的眼神，\"但我们守护地球不是为了某一场胜利，而是为了以后的每一个明天。\"他把十二圣物的碎片摆在桌上，这些在战斗中破损的圣物依然散发着微弱的光芒，\"我们要重新激活圣物，同时研究观测者留下的技术，为接下来的战斗做准备。\"
陈星开始带着团队分析新出现的能量波动，试图找到敌人的弱点；普罗米修斯则忙着升级防御系统，把之前缴获的观测者战舰残骸拆解重组；其他实验体分散到世界各地，加固那些可能成为攻击目标的地方。程默独自进入实验室的核心区域，尝试和体内新获得的高维能量沟通，他总觉得，这股力量还有更多潜力可以挖掘。
就在大家紧张准备时，宇宙深处，一个巨大的黑色球体缓缓转动。球体表面布满密密麻麻的孔洞，每一个孔洞里都有一双泛着红光的眼睛。在球体中央，一个模糊的身影发出低沉的笑声：\"有意思，竟然有文明能打破维度限制......看来，该是我亲自会会这些小家伙的时候了。\"随着话音落下，黑色球体周围的空间开始扭曲，无数艘造型怪异的飞船从中驶出，朝着太阳系的方向疾驰而来。
程默站在实验室的窗边，望着夜空。虽然看不见即将到来的威胁，但他能感觉到，一场比之前更加艰难的战斗，正在黑暗中慢慢逼近。不过这一次，他和同伴们已经做好了准备，无论面对怎样的敌人，他们都不会放弃守护家园的信念。