地府之中，后土的脸色变得十分难看，神色沉凝，怒而不发，周边杀机若隐若现，通天教主突然插手，让他的大弟子多宝以净世白莲破了蚩尤的玄阴大阵，以致于战局被瞬间逆转，原本即将落败了轩辕氏一方一下子成了即将胜利的一方。
后土如今虽然已非祖巫，但她的性格却从未变过，即便她是十二祖巫中脾气最为温和的一个，不过那也是相较于其他祖巫而言，在多宝出手的那一刻，后土便有些忍不住想要出手，人皇之争，三清竟然联手针对于她，后土岂能不怒。
但后土终究还是没有出手，并非她忍了下来，而是就在她杀机显现的那一刻，三道气机同时锁定了她，她自然明白这三道气机的由来，必是那三清所为，虽说此次辅佐轩辕氏的乃是阐教，但三清情谊未断，仍为一体，岂会放任后土出手。
这一刻，后土才觉得自己实在是有些势单力薄，若她有人相助，这场人皇之争的结局绝对不会如此，如今蚩尤败局已定，回天乏术，后土只能选择放弃，再拼死相搏下去，只会损失更多，如今巫族可经不起什么损失了。
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涿鹿战场，九凤、风伯、雨师等人在收到后土的传音之后，便果断开始组织巫族势力的撤退，不过蚩尤却纹丝未动，九凤见此，不由开口说道：“蚩尤大哥，后土祖巫已经下令让我等撤退，你不必再继续恋战，他日或有东山再起之日。网”
蚩尤听后，惨淡一笑：“是吗？此战因我而起，也该由我结束，事已至此，我蚩尤虽无力回天，但却不会选择逃避，九凤妹子，你们速速返回百万大山，若是有缘，日后或许还有再见之日，接下来，就让我来结束这场战争吧！”
九凤一听，本还想说些什么，但脑海之中突然又想起了后土的传音：“九凤，你们速速回来吧！至于蚩尤，既然他心意已决，就随他去吧！他生机未决，或许还有其他机缘，生生死死，缘起缘灭，天道无常，谁又能算准一切呢！”
九凤见此，看了一眼蚩尤，一咬牙，便带领着风伯、雨师和那些从百万群山中出来的巫人战士离去，而蚩尤则奋力一战，拼死挡住了轩辕氏和阐教众人，为九凤他们的离去争取到了一点时间，但寡不敌众，蚩尤终究还是被轩辕氏等人生擒了。网
蚩尤虽然被轩辕氏和阐教众弟子生擒了，但如何处置却也是一个问题，蚩尤背后毕竟站着后土圣人和整个巫族，阐教弟子虽然生性高傲，但却也并不想因此得罪后土圣人，于是干脆将蚩尤交给轩辕氏处置，毕竟轩辕氏是人族共主。
轩辕氏虽说对洪荒不甚了解，但对于后土圣人的事迹他也是知道的，故而也并没有赶尽杀绝，只是斩下了蚩尤的头颅与四肢，连同躯体，封印在了六处地方，至于蚩尤的元神，则被封印在了虎魄刀中，而虎魄刀则被封印在另一处，如此，蚩尤倒也还有归来的可能。
而九黎战败之后，轩辕氏也并没有选择赶尽杀绝，而是对九黎一族宽大处理，让其返回了九黎族地，休养生息，九黎族人感念轩辕氏的仁德，自此臣服于轩辕氏，如此，轩辕氏才算是彻底地平定了人族内的战乱，声望大涨。
而那些原本在观望的人族首领见此，也纷纷前往陈都朝见轩辕氏，表达自己的投效之意，虽说轩辕氏对人族还是没有什么可敬可叹的贡献，但他有圣人支持，阐教辅佐，又击败了蚩尤，自然没有人敢再挑衅轩辕氏，轩辕氏的人族共主之位也算是彻底坐稳了。
自此，人族进入了轩辕氏的时代。
平定战乱之后，轩辕氏便开始大规模地在人族推行自己的政策，首先便是划分疆域，结束人族不明地理、不分疆域的时代，按照轩辕氏的政策，八家为一井，三井为一邻，三邻为一朋，三朋为一里，五里为一邑，十邑为都，十都为一师，十师为州，总有九州。
九州是为冀、豫、雍、扬、兖、徐、梁、青、荆，重定国都，以冀州为九州之中心，是为国都，设官司职，置左右大监，监于万国，设三公、三少、四辅、四史、六相、九德，共一百二十个官位管理国家，人族一下子变得井然有序起来。
与此同时，轩辕氏还大开教化，鼓励麾下的臣子和民众积极参与到改善人族生活的改革当中，制礼兴乐，发明各种器具用物，方便日用，还有大臣曹胡发明了上衣，伯余造了下衣，於则做了鞋子，百姓们从此不再穿兽皮树皮。
不仅如此，轩辕氏还效仿树叶漂于水上之理发明了舟船，又根据转蓬的道理发明了车辅，便利了交通。黄雍父发明了舂，轩辕接着又令人制作了釜甑，使得百姓可以蒸饭烹粥，以后又造屋室，筑城邑，使百姓不再巢居穴处。
除此之外，在政治、用人、农业、时令、交通等诸多方面都进行完善与改革，使得人族的生活变得越来越好，也让轩辕氏在人族之中的声望越来越高，那些原本迫于轩辕氏威势而臣服的人族首领也渐渐地真正认可了轩辕氏人族共主的地位。
在不断完善人族制度、改善人族生活的过程中，为了更好地了解人族之中的改变以及尚且存在的问题，轩辕氏便开始巡游天下，遍游所有的人族部落，而广成子、燃灯等阐教弟子自然欣然跟随，一路上传播阐教教义，使得阐教在人族迅速兴盛起来。
而在巡游天下的同时，轩辕氏也向广成子等人询问修道养生之法，从而着下了《阴符经》、《黄帝太乙八门入式诀》、《黄帝太一八门入式秘诀》、《黄帝太乙八门逆顺生死诀》等书，以全人族仙道传承，自此，轩辕氏也几近功德圆满之境，证道在即。